Sanktuarium Maryjne w Stoczku Klasztornym położone w Archidiecezji Warmińskiej, początkami swymi sięga średniowiecza, prawdopodobnie czasów założenia wsi Stoczek przez bpa warmińskiego Hermana z Pragi w 1349 roku.
Stara tradycja głosi, że pewien misjonarz zawiesił na wysokim dębie małą figurkę Madonny. Była wykonana „jakby z kości słoniowej”. Przedstawiała M.B. Bolesną z pochyloną głową i śladami łez na pięknym, smutnym obliczu.
Po licznych wojnach i epidemiach, zapomniana figurka znaleziona została przez dwie dziewczynki grabiące siano (ok. poł. XVI w.). Powiadomiony o powyższym zdarzeniu ks. Proboszcz z Kiwit udał się z procesją we wskazane miejsce, przenosząc uroczyście figurkę do kościoła.
Za czasów bpa warmińskiego Stanisława Hozjusza proboszcz parafii Kiwity, do której należał Stoczek, zbudował dla znalezionej figurki kaplicę. W okresie reformacji kaplicę sprofanowano, a figurkę zniszczono. Pomimo to w dalszym ciągu stanowiła miejsce szczególnego kultu NMP.
Powstanie Sanktuarium (w dzisiejszej formie) związane jest z sytuacją polityczną Polski XVII w. (wojny z Rosją, Turcją i Szwecją) oraz z pobożnością maryjną Biskupa Mikołaja Szyszkowskiego (1633-1643). Widząc, jak bardzo ucierpiała jego diecezja od protestanckich Szwedów oraz jak niepewnym okazał się rozejm Rzeczpospolitej Polskiej zobowiązał się zbudować we własnej diecezji świątynię ku czci Matki Bożej, jeśli nastanie upragniony pokój.
